Вы — безымянный солдат, разбуженный утром своим командиром. Неизвестный враг под кодовым именем Quake опустошает вашу военную базу, засылая легионы смерти через телепортационные врата, называемые «Slipgate». Вы призваны возглавить операцию по возмездию "Контрудар" (Counterstrike), пройдя через эти врата на территорию врага, и разгромить его в его измерениях. В финальной части главный герой сталкивается с Шуб-Ниггуратом, неподвижным древним богом, который выглядит как раздутая масса плоти с шевелящимися щупальцами. Демон оказывается неуязвимым для обычного оружия, однако солдат в итоге всё же находит способ его уничтожить.