Сюжет Risen разделен на 4 главы, в игре есть расы, нетипичные для фэнтези RPG. Сюжет предполагает возможность создания сиквела. В игре существует большое количество заданий и квестов, за прохождение которых зачастую даются специальные достижения.

Завязка игры происходит во время небольшого видеоролика повествующего о том, как главный герой вместе с цыганкой по имени Сара, проникнув на корабль инквизиции, попадают в шторм, вызванный невидимым Титаном. Инквизитор Мендоса, глава этой экспедиции, обладающий волшебным окуляром, позволяющим ему видеть потоки магии, пытается сражаться с Титаном, но, поняв тщетность своих попыток, телепортируется с корабля. После чего Титан разрушает корабль, отправив Сару и героя на дно. Протагонист просыпается на берегу острова, окруженный трупами экипажа корабля. Он и Сара невредимы.

После этого игрок должен косвенным образом выбрать одну из противоборствующих фракций: бандитов или инквизицию. Вскоре после этого игрок знакомится с планами верховного инквизитора Мендоcы, обнаружившего таинственную дверь, ведущую в сердце вулкана. Инквизитор желает получить доступ внутрь, и для этого просит помощи у главного героя в обнаружении 5 кристаллических дисков, функционирующие как ключи для этой двери.

Как только игрок собирает эти диски, рассеянные по острову, инквизиция открывает дверь и вступает в оказавшийся там храм, постоянно сражаясь с людьми-ящерами. В храме обнаруживается, что легендарный Титан вместе с лордом Титанов Урсегором (человеком, стремившемся владеть силой титанов), были заключены в тюрьму. Так же выясняется, что Фаранга (место действия игры) был защищен штормами из-за присутствия Титана, в то время как материк разоряется другими четырьмя его собратьями. Мендоса стремится заполучить контроль над Титаном Огня, находящемся в вулкане, для победы над другими Титанами. В отсутствии Титана на острове тот стал бы уязвимым для магических штормов и был бы пожертвован ради человечества.

После снятия с Урсегора проклятия, державшего его дух в вулкане, герой намеревается найти части брони повелителя Титанов, чтобы получить доступ к Титану Огня и победить Мендосу. Части брони были запечатаны в руинах со священниками нежити. Игрок исследует руины, восстанавливает броню, и вступает в вулкан следом за Мендосой. Сначала герой побеждает верховного инквизитора, а затем и Титана Огня.

Окончание игры предполагает, что остров Фаранга был спасён от разрушения, но остались ещё четыре титана, продолжавшие разрушение материка. После титров, диалога между главным героем и Пэтти, дочерью пирата Грэга Стальной Бороды, подразумевается, что они отправляются на материк для борьбы с титанами в продолжение игры.